In dem Zulassungsbescheid vom 03.06.1969 hat der Minister für Wirtschaft und Verkehr des Landes Schleswig-Holstein der FFB GmbH die Anlegung und den Betrieb eines Landeplatzes des allgemei­nen Verkehrs (Verkehrslandeplatz) und eines Segelflugge­ländes genehmigt. Folgende Arten von Luftfahrzeugen dürfen den Verkehrslandeplatz Schäferhaus benutzen:

- Flugzeuge, Drehflügler, Motorsegler
- Segelflugzeuge
- Ultraleicht-Flugzeuge
- Landungen von Fallschirmspringern.

Der Verkehrslandeplatz Flensburg-Schäferhaus kann nur nach Sichtflugregeln (VFR - Visual Flight Rules; mind. 1500 m Bodensicht, mind. 500 ft Wolkenuntergrenze) angeflo­gen werden; eine Kontrollzone sowie die dafür notwendigen technischen Voraussetzung für einen Instrumentenanflug sind nicht vorhanden und auch nicht vorgesehen.

Die Betriebszeit ist ganzjährig von 9.00 Uhr Ortszeit bis Sonnenuntergang plus 30 Minuten, ma­ximal je­doch bis 20.00 Uhr, festgelegt. Zum Schutz der Bevölkerung vor Fluglärm sind seit 1989 in der Zeit vom 15.03. bis 30.09. eines jeden Jahres zwischen 13.00 Uhr und 15.00 Uhr Ortszeit Starts nur zum Zwecke der Durchführung von Streckenflügen zulässig.

Der Verkehrslandeplatz Flensburg-Schäferhaus ist als PPR-Platz (PPR -prior permission required) definiert, d. h. nach vorheriger Anmeldung können Flugzeuge auch außerhalb der genannten Be­triebs­zeiten starten und landen. Diese Möglichkeit bietet besonders dem gewerblichen Verkehr eine hohe Fle­xibilität und ist auch für Rettungsflüge von großer Bedeutung.