An den FFB GmbH-eigenen Gebäuden und Hallen wurden in den vergangenen Jahren umfangreiche Modernisierungsarbeiten vorgenommen. Darüber hinaus wurde der Verkehrslandeplatz 1996/97 im Zuge der Errichtung des Taxiways an das öffentliche Entwässerungsnetz angeschlossen.
Im Jahr 2000 erfolgten die Errichtung von Überrollstrecken zur Erfüllung der europäischen Sicherheitsnormen sowie die Erneuerung der Landebahn mit einem Gesamtinvestitionsvolumen von T€ 870. Das Land bezuschusste die Maßnahme mit T€ 508 aus dem Regionalprogramm für strukturschwache ländliche Räume. Die Eigenmittel wurden von der FFB GmbH durch Kreditaufnahme aufgebracht.

In den 90er Jahren konnte die FFB GmbH eine positive wirtschaftliche Entwicklung verzeichnen. Neben einer teilweisen Kostenreduzierung war dieses in erster Linie auf höhere Einnahmen zurückzuführen, die sich besonders aus der stei­genden Zahl gewerblich bzw. wirtschaftlich motivierter Flüge sowie aus dem Flugbenzinverkauf ergaben.

Durch die Entscheidung des Motorola-Konzerns, die Betriebsstätte im schottischen Edinburgh zu Gunsten des Erhalts der Produktion in Flensburg zu schließen, entfielen ab Mitte 2001 alle Werksflüge zwischen Schottland und Flensburg. Die Folge war ein erheblicher Einnahmerückgang für die FFB GmbH. Zwischenzeitlich hat Motorola auch die Produktion in Flensburg eingestellt.

Die Einstellung des Flugbetriebes der Unternehmensgruppe Beate Uhse nach dem Tod der Unternehmensgründerin Beate Rotermund im Jahr 2001 sowie der Mobilcom AG Büdelsdorf, die fast ausschließlich über Flensburg abgewickelt wurden, hat die Situation in Flensburg weiter belastet.

Durch die zusätzlichen Belastungen aus der Finanzierung der notwendigen Sicherungsmaßnahmen sowie den spürbaren Rückgang der Einnahmen hat sich die finanzielle Situation ab dem Jahr 2001 verschlechtert. Mit der Ansiedlung neuer Luftfahrtunternehmen und Chartergesellschaften würde sich die Einnahmesituation der FFB GmbH wieder verbessern. Allerdings sind solche Bemühungen an kleinen VFR-Regionalflugplätzen außerordentlich schwer umzusetzen. Entsprechende Gespräche mit interessierten Unternehmen führt die FFB GmbH kontinuierlich.

Im Frühjahr 2005 ist es gelungen, mit der Clipper Aviation GmbH eine gewerbliche Flugschule für Wasserflugzeuge in Flensburg zu etablieren.

Darüber hinaus ist Flensburg „Home Base“ für eine europaweit agierende kleine Cargo-Gesellschaft, die BinAir Aero Service GmbH. Die Vorteile der kurzen Wege, schnellen Abwicklung, flexiblen Öffnungszeiten und preisgünstigen Gebührenregelungen kompensieren den Lagenachteil.

Im März 2009 hat ein luftfahrttechnischer Instandsetzungsbetrieb seine Tätigkeit auf dem Flugplatz aufgenommen.

Vordringliche Aufgabe wird es weiter sein, die Wettbewerbsfähigkeit und Attraktivität des Verkehrslandeplatzes langfristig zu sichern, um ihn als wichtige wirtschaftsnahe Infrastruktureinrichtung für die regional ansässigen und überregional tätigen Unternehmen weiter vorhalten zu können.